L'Institut d'Histoire sociale, a été fondé en 1935, comme filiale française de l'Institut international d'Histoire sociale d'Amsterdam, par Boris Souvarine (1896-1985), un des fondateurs du Parti communiste français avant d'être un critique radical du communisme de type soviétique. L'Institut d'Histoire sociale, dont le siège se trouvait à  Paris, abritait notamment des archives de la social-démocratie allemande et d'autres de Léon Trotski. Il fut d'abord présidé par Alexandre-Marie Desrousseaux (dit Bracke), député socialiste du Nord, son directeur étant Boris Nicolaievski et son secrétaire général Boris Souvarine.

En novembre 1936, les archives de Léon Trotski qu'il abritait furent subtilisées par des cambrioleurs agissant sans doute sur ordre des services soviétiques.
En 1940, l'Institut fut pillé et une partie de ses collections dirigée vers l'Allemagne nazie.
Après la guerre, l'Institut d'Amsterdam n'ayant plus les moyens d'aider sa filiale parisienne, Souvarine, aidé par Jacques Chevalier, député-maire d'Alger, s'attela à  la reconstitution du fonds.
Au décès de Desrousseaux, Chevalier le remplaça provisoirement, avant que Maxime Leroy lui succède en 1957. Décédé peu après, il fut à  son tour remplacé par Emile Roche, Boris Souvarine demeurant secrétaire général.
De 1957 à  1968, l'Institut publia Le Contrat social, « revue historique et critique des faits et des idées », qui porte les signatures de Raymond Aron, Léon Emery, Branko Lazitch, Maxime Leroy, Lucien Laurat, Kostas Papaioannou, Manès Sperber et, bien sûr, celle de Boris Souvarine.
Celui-ci ne pouvant plus pour raisons de santé, assurer ses fonctions, c'est Claude Harmel, directeur d'Etudes sociales et syndicales, et fondateur de l'Institut supérieur du travail, qui assuma la fonction de secrétaire général de l'institut d'Histoire sociale. La même année Gabriel Ventejol, alors Président du Conseil économique et social, remplaça Emile Roche à  la tête de l'IHS.
Morvan Duhamel, conseiller de Gabriel Ventejol, succéda à  Claude Harmel au secrétariat général en 1983. L'Institut d'Histoire sociale reprit, cette année-là, sous la direction intellectuelle de Branko Lazitch, la publication de la revue Est & Ouest (ex BEIPI) interrompue par la mort de son fondateur, Georges Albertini. Cette nouvelle série paraitra mensuellement jusqu'en 1993.
En 1989, André Bergeron, ancien secrétaire général du syndicat Force Ouvrière, fut élu Président de l'IHS.
Quatre ans plus tard, grâce à  l'intérêt manifesté par le département des Hauts-de-Seine pour son riche fonds documentaire, l'Institut put s'installer dans un vaste local à  Nanterre, sa bibliothèque, dirigée par Virginie Hébrard, étant rattachée aux Archives départementales. Son fonds se compose de plus de 40 000 ouvrages, de plus de 1000 titres de périodiques, de brochures, d'archives et de manuscrits légués par divers militants et historiens.
A André Bergeron, succédèrent Christine Chauvet, Présidente de l'Union des femmes d'entreprise, en 1994, puis Jean-François Revel, de l'Académie française, en 1998.
Après le décès de ce dernier en 2006, Emmanuel Le Roy Ladurie, devient à  son tour Président.
L'Institut, dont le directeur depuis 2006 est Pierre Rigoulot, organise des conférences-débats chaque mois, des colloques chaque année et assure la publication d'une revue trimestrielle : Histoire & Liberté (ex-Cahiers d'histoire sociale).

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